Denominado, originalmente, como Real Teatro de S. João, o edifício primitivo - projectado pelo arquitecto italiano Vicente Mazzoneschi (à época cenógrafo do Teatro de S. Carlos, em Lisboa) - foi inaugurado em Maio de 1798 e seria parcialmente destruido pelo fogo, na noite de 11 para 12 de Abril de 1908. A sua estrutura interior era semelhante à do Teatro de S. Carlos e a sua composição próxima dos teatros de tipo italiano que se tinham estabelecido como regra de sucesso até ao nascimento do "teatro francês", derivado igualmente desse modelo. Após o incêndio, a partir de 1912, o Teatro S. João foi reconstruído pelo arquitecto portuense José Marques da Silva (1869 - 1947), muito influenciado por uma visita a Paris, em 1908, durante a qual observou a recuperação do frontispício do Theatre d'Amiens (1778-80), assinado pelo arquitecto Jacques Rousseau. O novo Teatro S. João foi inaugurado a 7 de Março de 1920. Durante algumas décadas, a sua programação foi naturalmente dedicada ao teatro e à ópera. Mas, sensivelmente a partir dos anos 30, esta casa entrou num longo periodo de decadência, reduzida, então, como Sao João Cine, sobretudo a sala de exibição cinematográfica, sob a exploração de Filmes Lusomundo. O imóvel seria adquirido pelo Estado no dia 8 de Outubro de 1992 e inaugurado, como Teatro Nacional São João (TNSJ), um mês e meio depois, a 28 de Novembro, sob a direcção de Eduardo Paz Barroso. É o início do projecto de reabilitação, assinado pelo arquitecto João Carreira. Os trabalhos, da responsabilidade do Instituto Português do Património Arquitectónico e Arqueológico (IPPAR), com o apoio do programa FEDER, foram iniciados a 2 de Janeiro de 1995. Durante oito meses e meio, o TNSJ foi objecto de um complexo processo de recuperação, conservação, inserção e restauro do seu interior, tendo sido igualmente equipado com todas as infra-estruturas e equipamentos apropriados e actuais. A reabertura foi feita a 16 de Setembro do mesmo ano. Na perspectiva de um director/encenador, Ricardo Pais sucedeu a Eduardo Paz Barroso, em Janeiro de 1996. Entre Setembro de 2000 e Setembro de 2002, o cargo foi ocupado pelo actor e encenador Jose Wallenstein. Em Outubro de 2002, Ricardo Pais voltou a assumir a direcção do Teatro. A partir desta data o TNSJ integra na sua estrutura o Auditório Nacional Carlos Alberto, passando a denominar-se Teatro Carlos Alberto.
O TNSJ produz anualmente quatro a cinco espectaculos de maior escala e co-produz e acolhe dezenas de outros. Não tendo uma companhia ou núcleo de criadores residentes, o TNSJ contrata equipas criativas - compostas por artistas portugueses e estrangeiros - e actores à medida de cada projecto. No entanto, privilegia e toma partido da regularidade e do cruzamento sistemático dessas colaboraçóes. Aposta na pesquisa e exercício de linguagens cénicas contemporâneas capazes de devolver aos públicos de hoje os grandes textos do património dramatúrgico, sejam eles clássicos ou contemporâneos. Presta uma atenção muito particular ao estímulo de uma nova escrita dramática portuguesa, através de um trabalho teórico e prático desenvolvido pelo Dramat - Centro de Dramaturgias Contemporaneas do Porto. Organiza em cada dois anos o Festival Internacional PoNTI - Porto. Natal. Teatro. Internacional., por onde já passaram criações de Peter Stein, Robert Wilson, Eimuntas Nekrosius, Giorgio Barberio Corsetti, Romeo Castellucci, Jérôme Deschamps, entre dezenas de outros criadores portugueses e estrangeiros.
